Projekty

Konstrukce modelu regulační sítě řízené sigma faktory RNA polymerasy v Corynebacterium glutamicum

Bakteriální holoenzym RNA polymerasa se skládá z jádra enzymu a disociovatelné sigma podjednotky, která je zodpovědná za rozpoznání specifických sekvencí promotorů. Genom bakterie Corynebacterium glutamicum kóduje primární sigma faktor SigA a 6 alternativních sigma faktorů, které se účastní zejména transkripce genů stresové odpovědi. Projekt je zaměřen na objasnění rolí sigma faktorů v expresi genů C. glutamicum a na navržení struktury a zkoumání funkcí regulační sítě řízené sigma faktory. K analýze regulonů řízených specifickými sigma faktory (sigmulonů) budou použity metody jak na úrovni genomu, tak detailní analýzy jednotlivých genů a jejich promotorů. Pro dosažení komplexních výsledků budou kombinovány metody in vivo, in vitro a in silico. Hlavními úkoly projektu bude definovat oddělené i překrývající se regulony řízené sigma faktory, přiřadit sigma faktory jednotlivým promotorům a stanovit konsensus sekvence různých typů promotorů. Všechny získané poznatky budou integrovány v návrhu modelu regulační sítě C. glutamicum řízené sigma faktory RNA polymerasy.